近日,刊登在國際雜志Molecular Systems Biology上的一項研究報告中,來自查爾姆斯理工大學(xué)的研究人員通過研究發(fā)布了第15版的人類蛋白質(zhì)圖譜(Human Protein Atlas),新版本中包括了來自不同數(shù)據(jù)來源的大量研究數(shù)據(jù),為后期對比不同組織樣本之間的RNA和蛋白質(zhì)水平提供了新的思路和研究基礎(chǔ)。
深入揭示人類組織或細胞的健康和疾病狀況或可幫助科學(xué)家們更好地闡明疾病發(fā)生的特殊機制,而進行相關(guān)的對比,研究者們首先就需要知曉我們?nèi)祟悪C體的構(gòu)成,其中一個方法就是分析轉(zhuǎn)錄組,這意味著要深入發(fā)現(xiàn)哪些組織或細胞樣本中的哪些基因是被激活來產(chǎn)生蛋白質(zhì)的。
人類的蛋白質(zhì)圖譜計劃包括對靶向超過1.7萬個特殊蛋白的2.5萬多個抗體進行蛋白質(zhì)組的分析,同時還結(jié)合對2萬個蛋白編碼基因的轉(zhuǎn)錄組學(xué)進行分析;而研究者在4月11日發(fā)布的人類蛋白質(zhì)圖譜新版本中則包括多個數(shù)據(jù)來源中心的原始數(shù)據(jù),其就為后期從事比較性的研究提供了研究數(shù)據(jù);新版本的蛋白質(zhì)圖譜對不同的人類組織的轉(zhuǎn)錄組進行了圖譜的繪制,相比此前版本這是一項巨大的進步,而且這些數(shù)據(jù)或?qū)⒊蔀檫M行后期代謝模型研究的基礎(chǔ)。
文章中,研究者描述了新型的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)資源,他們重點對比了來自博德研究所、波士頓、GTEx等機構(gòu)的研究數(shù)據(jù)庫;GTEx數(shù)據(jù)庫中包含了超過1600個樣本,對其中28個樣本進行RNA測序研究,同時將研究結(jié)果同人類蛋白質(zhì)組圖譜進行一致性對比或許就可以幫助科學(xué)家們對比人類蛋白質(zhì)組圖譜和GTEx數(shù)據(jù)庫之間的差異和關(guān)聯(lián)。
同時研究者還在文章中討論了公開的人類轉(zhuǎn)錄組資源以及這些數(shù)據(jù)庫的多方面應(yīng)用價值,比如構(gòu)建基因組尺度的代謝模型用來分析健康和疾病個體機體中的細胞和組織的功能;后期研究人員還將通過更為深入的研究來利用新版本的人類蛋白質(zhì)組圖譜來對人類多種疾病的發(fā)病機制進行剖析和研究。